1263 teilte aber Heinrich der Erlauchte, Markgraf von Meißen, Landgraf von Thüringen (1221 - 1288) seinen Landbesitz auf, behielt nur die Marken Meißen und Lausitz für sich und beschwor mit der Verkleinerung des Territoriums die Gefahr einer Schwächung herauf. Nach seinem Tode 1288 wurde die große Feudalkrise, die sich über die wettinischen Lande ausbreitete besonders deutlich, als sich seine Söhne und Enkel bekriegten. Die Gunst der Stunde nutzte König Adolf von Nassau und fiel 1294 mit einer Heeresmacht in Thüringen ein. Dabei gelangte er bis Borna und Frohburg. Seine Söldner machten sich der größten Untaten schuldig und verwüsteten das Land. 1295 fiel er ein zweites Mal in Thüringen ein und unterwarf in einem Winterfeldzug Teile der Mark Meißen. Ein Jahr später besetzte er die gesamte Mark Meißen und eignete sich die reiche Bergstadt Freiberg an. Über 10 Jahre dauerten die Wirren, die durch das militärische und diplomatische Eingreifen der Zentralmacht entstanden waren. In der Markgrafschaft Meißen war damit die wettinische Herrschaft ausgeschaltet worden.

Am 31.5.1307 kam es bei Lucka (in der Nähe von Altenburg) zu einer für die Meißnischen siegreichen Schlacht, in der die königliche Streitmacht aufgerieben wurde. Mit diesem Ereignis war der letzte großangelegte Versuch des Königtums gescheitert, das wettinische Territorialfürstentum zu verdrängen. Aber erst mehrere Monate nach der Schlacht gelangte der siegreiche Markgraf Friedrich I., der Freidige (1291 - 1323) wieder in den Besitz Freibergs. Das Jahrzehnt nach Lucka war erfüllt vom Kampfe gegen den Markgrafen von Brandenburg und gegen andere Feudalherren, die Friedrich I. im Jahre 1312 eine schwere Niederlage beibrachten. Er geriet bei Großenhain in die Hände seines Gegners Waldemar von Brandenburg. Nur ein hohes Lösegeld garantierten ihm Freiheit und Herrschaft über die Mark Meißen.

Mehrere Markgrafen versuchten z.T. erfolgreich, ihr Herrschaftsgebiet zu erweitern und abzurunden. Als die Luxemburger Kaiser von Deutschland und Könige von Böhmen wurden, bemühte sich Markgraf Friedrich III., der Strenge (1349 - 1382) um ein gutes Verhältnis zu Böhmen, damit sich dessen Druck auf das benachbarte meißnische Land mindere.

Nach seinem Tode 1381 schritten seine Brüder und Söhne zur Teilung des wettinischen Gesamtbesitzes in der Chemnitzer Teilung von 1382. Markgraf Wilhelm I. (1349 - 1407) erhielt das bedeutsamste Stück des wettinischen Erbes und konnte durch die guten Beziehungen zu den Luxemburgern seinen Territorialbestand erweitern. Als er 1407 kinderlos starb, fiel die Markgrafschaft an seine Neffen Friedrich IV. der Streitbare (1381 - 1428) und Wilhelm II. der Reiche (1381 - 1425). Sie regierten die Markgrafschaft zunächst gemeinsam. 1410 vereinbarten sie eine Teilung des Besitzes, die aber gemeinsame Interessen nicht berührte. Von den Brüdern war Friedrich IV. der Streitbare nicht nur der kriegerischste, sondern auch der dynamischere.

1420 beteiligte sich Markgraf Friedrich IV. an der Seite des wortbrüchigen deutschen Königs Sigmund (er hatte trotz zugesicherten freien Geleits 1415 in Konstanz den böhmischen Reformator Jan Hus verbrennen lassen) am Vorstoß nach Böhmen gegen die dort im Vorjahr ausgebrochene Hussitenbewegung mit dem Ziel, Sigmund zur böhmischen Königskrone zu verhelfen.

Mehr als 100.000 Krieger, davon 30.000 von der Markgrafschaft Meißen, wurden gegen die kriegsunerfahrenen und ungenügend ausgerüsteten Bürger - und Bauernhaufen, geführt vom einäugigen Jan Ziska, aufgeboten. Das sächsisch-thüringische Kreuzfahrerheer erlitt eine Reihe schwerer Niederlagen, einen Teilerfolg bei der Entsetzung der Stadt Brüx (heute Most) im Jahre 1421, wo die meißnische Besatzung von den Hussiten belagert worden war und eine vernichtende Niederlage am 6. 6. 1426 bei Aussig (heute Usti nad Labem).

Den Wettinern brachte die Unterstützung des antihussitischen Kaisers Sigmund jedoch eine bedeutende Rangerhöhung. 1425 wurde Friedrich IV. in Buda für seine Teilnahme am Kampf gegen die "böhmischen Ketzer" mit der Kurwürde belehnt. Die Wettiner wurden damit als königliche Lehnsträger Herzöge und stiegen in den exklusiven Kreis der sieben, den Kaiser kürenden, d.h. wählenden Feudalherren auf.

Als neue Symbole des meißnisch - sächsischen Territorialstaates rückten Rautenwappen für das Herzogtum und die Kurschwerter als Würdezeichen des Erzmarschalls des Heiligen Römischen Reiches ins Zentrum des fürstlichen Wappenspiegels.

Als 1440 die thüringische Nebenlinie der Wettiner ausstarb, teilten sich in Altenburg 1445 die Brüder Friedrich II. der Sanftmütige, Kurfürst von Sachsen (1428 - 1464) und Wilhelm III. der Tapfere, Landgraf von Thüringen (1445 - 1482) das Land, wobei sich letzterer übervorteilt glaubte. Der sich anschließende fünf Jahre dauernde Krieg wurde mit großer Erbitterung geführt. Weite Gebiete Sachsens und Thüringens wurden verwüstet, die ökonomische Entwicklung der Länder nachhaltig gestört und insgesamt verlangsamt.
Der immer mehr zu einem Ganzen verschmelzende wettinische Staat